發(fā)酵床養(yǎng)雞技術在20世紀50年代首先內日本山岸會進行研究開發(fā)。日本山岸會會長山岸已代藏先生，在養(yǎng)雞實踐中堅持把尊重雞的基本權利放在首位，創(chuàng)建了山岸養(yǎng)雞法。
山岸已代藏先生認為“要想在養(yǎng)雞上獲得成功，精神要先行于技術及經營”。目前，日本山岸會已在日本、韓國、泰國、德國、瑞士、澳大利亞、美國、巴西建成50多個山岸農法示范基地。這些基地遵循循環(huán)農業(yè)的原理，將養(yǎng)殖業(yè)與種植業(yè)有機地結合在一起。
以發(fā)酵床養(yǎng)殖為主的土著菌技術就是其中的一項重要技術。土著菌養(yǎng)殖的對象也從養(yǎng)雞逐步發(fā)展到養(yǎng)豬、養(yǎng)肉牛，并巧妙地利用了畜力來進行發(fā)酵床的管理。
從利用畜力來進行發(fā)酵床管理的效果看，雞要優(yōu)于豬，豬又優(yōu)于牛。豬主要是用鼻子拱；雞既用嘴啄食，又用腳刨食；牛既不會拱，又不會刨。在墊料用量方面，養(yǎng)雞用的墊料比養(yǎng)豬所用少得多，得到墊料容易得多；從發(fā)酵床的建造要求看，建養(yǎng)雞發(fā)酵床比建養(yǎng)豬發(fā)酵床容易得多。
韓國從1965年開始學習日本以應用發(fā)酵床技術為主的土著菌技術。經過幾十年的實踐，對理論進行不斷發(fā)展和完善，創(chuàng)建了韓國的自然農法。
韓國自然農業(yè)協(xié)會會長趙漢圭先生認為：“自然農業(yè)養(yǎng)雞，不需要太多的資本和什么特別的技術，它最需要的是在大自然懷抱中的愛心。只要去體會一次，無需這樣或那樣的培訓和繁多的書本知識，不用掌握很多的技術，無論是什么人，都能獲得穩(wěn)定的收益，與其為了尋找什么捷徑而煩惱，不如選擇面向未來的自然養(yǎng)雞這條陽關大迫。”
20世紀40年代，日本微生物專家島木覺也先生開創(chuàng)研究了酵素菌技術(稱島本微生物農法)，并于1970年建立了第一個發(fā)酵床系統(tǒng)。該系統(tǒng)利用坑道以木屑作墊料，上面加蓋塑料薄膜使墊料發(fā)酵。這項技術于20世紀80年代后期進入實用階段。
目前，在荷蘭等國家，采用深層墊料養(yǎng)殖系統(tǒng)，更主要的原因是減少圈舍內氨氣的釋放，因此，大量試驗比較了不同墊料對氨及其他氣體釋放的影響。結果認為，秸稈與草炭或木屑的配合使用，有助于減少氨的釋放，但會增加溫室氣體氧化亞氮的生成和釋放。
近年來，世界上已有近百個國家在生產和使用生物酵素美國、朝鮮、巴西、中國、法國、澳大利亞、韓國、國、印度尼西亞、巴基斯坦和印度等。
